Factura clínica: exención de IVA, protección de datos y cómo emitirla
La factura clínica está exenta de IVA cuando documenta servicios de asistencia, diagnóstico, prevención o tratamiento prestados por profesionales sanitarios titulados, según establece el artículo 20.Uno.3º de la Ley del IVA. Emitir facturas en una clínica médica o dental exige equilibrar esta ventaja fiscal con el cumplimiento estricto del Reglamento General de Protección de Datos (RGPD) para proteger el historial del paciente, y adaptarse a normativas antifraude como VeriFactu.
En resumen
Solo tratamientos reparadores o de salud: La medicina estética no reparadora y los servicios de bienestar llevan el 21 % de IVA general.
Confidencialidad absoluta: Una factura clínica nunca debe incluir diagnósticos médicos detallados, solo el concepto fiscal genérico del servicio.
Múltiples pagadores: El formato y los datos exigidos cambian radicalmente si facturas a un paciente particular, a una empresa por reconocimientos o a una aseguradora médica.
Trazabilidad obligatoria: Las facturas exentas de IVA también deben contar con código QR y registro inalterable bajo la normativa VeriFactu.
¿Qué servicios sanitarios están exentos de IVA en una factura?
La exención del IVA en el sector sanitario depende de la naturaleza del servicio y de la titulación de quien lo presta, sin importar si el profesional factura como autónomo o a través de una sociedad mercantil. Para aplicar la exención, el acto clínico debe tener una finalidad terapéutica, preventiva o de diagnóstico.
| Tipo de servicio | ¿Lleva IVA? | Ejemplos habituales |
| Asistencia terapéutica | Exento | Consultas médicas, odontología correctiva, fisioterapia rehabilitadora, análisis clínicos. |
| Estética y bienestar | 21 % (General) | Blanqueamientos dentales puramente estéticos, depilación láser no terapéutica, spa, masajes de relax. |
| Venta de productos | 10 % o 21 % | Venta directa de órtesis, cepillos dentales o cosmética clínica (salvo que estén ligados indisolublemente a la intervención). |
| Peritajes médicos | 21 % (General) | Informes para aseguradoras o juicios cuya finalidad no sea tratar la salud del paciente. |
Mezclar servicios exentos y sujetos a IVA en una misma clínica requiere emitir facturas con los tipos impositivos desglosados correctamente para evitar sanciones tributarias.
Requisitos de la factura clínica: RGPD y datos obligatorios
La factura clínica es un documento mercantil y fiscal, no una extensión del historial médico. Los datos de salud se consideran de categoría especial bajo el artículo 9 del RGPD, lo que exige una protección máxima en los procesos administrativos.
Para cumplir con la Agencia Tributaria y con Protección de Datos, la factura debe incluir:
Mención legal a la exención: Si no lleva IVA, es obligatorio incluir textualmente la frase «Operación exenta de IVA según el art. 20.Uno.3º de la Ley 37/1992».
Concepto genérico: Utiliza descripciones como «Servicios médicos generales» o «Tratamiento odontológico», omitiendo diagnósticos concretos, nombres de enfermedades o detalles sensibles.
Datos de filiación mínimos: Para particulares, basta con nombre, apellidos y NIF (si exige factura completa). No se deben incluir historiales clínicos adjuntos.
Desglose numérico: Base imponible y total, dejando clara la ausencia de cuota de IVA.
Datos del emisor: NIF, nombre de la clínica o profesional, dirección y número de factura correlativo.
Cómo facturar a pacientes, aseguradoras y empresas
El destinatario de la factura cambia la forma en que se documenta el servicio dentro de la clínica.
Pacientes particulares: Se emite una factura completa a su nombre. Si el importe es inferior a 400 euros y el paciente no exige factura nominativa, puedes emitir una factura simplificada, pero el ingreso debe quedar igualmente registrado en el sistema.
Compañías aseguradoras y mutuas: La factura clínica se emite a nombre de la mutua (que es quien paga), incluyendo los datos fiscales de la aseguradora. El paciente figura únicamente como beneficiario o referencia, junto con la codificación del acto médico que la aseguradora exige para validar el pago.
Empresas (reconocimientos laborales): Se factura a la empresa como un servicio B2B estándar. Por confidencialidad, la factura detalla el número de reconocimientos médicos realizados, pero nunca los resultados médicos individuales de los empleados.
VeriFactu y la factura electrónica en el sector salud
Las consultas médicas y clínicas privadas están obligadas a adoptar sistemas de facturación electrónica inalterables. Aunque los servicios estén exentos de IVA, no están exentos de declarar sus ingresos.
Todo el software utilizado por profesionales sanitarios deberá cumplir con el reglamento VeriFactu. Esto implica que las facturas —incluidas las simplificadas— deberán contar con un código QR verificable y un registro informático encadenado para evitar la manipulación de ingresos en efectivo. Además, con la entrada en vigor de la Ley Crea y Crece, la facturación a otras empresas (como mutuas o proveedores) deberá realizarse exclusivamente en formato electrónico estructurado.
¿Cómo te ayuda el programa de facturación electrónica de elEquipoIA con tu clínica?
El programa de facturación electrónica de elEquipoIA permite adaptar la emisión de documentos a la realidad fiscal y de privacidad de un centro sanitario, eliminando el riesgo de errores manuales.
En el programa puedes dar de alta el tipo impositivo «Exento de IVA» y asignarlo por defecto a los servicios de salud, asegurando que la coletilla legal («Art. 20.Uno.3º») aparezca automáticamente en el PDF que entregas al paciente. Para la gestión de distintos pagadores, puedes crear múltiples plantillas PDF: una aséptica para los pacientes particulares que respeta su privacidad, y otra con los campos adicionales necesarios si necesitas enviar los datos a una aseguradora.
En este vídeo de 4 minutos te enseñamos cómo configurar los tipos de IVA, incluyendo las operaciones exentas, para que el programa calcule los totales sin errores.
Preguntas frecuentes
¿Puedo hacer facturas simplificadas en mi clínica?
Sí, puedes emitir facturas simplificadas para consultas rutinarias cuyo importe sea inferior a 400 euros (IVA incluido), siempre que el paciente no te solicite explícitamente una factura completa con sus datos fiscales para deducirse el gasto.
¿Qué pasa si me equivoco y cobro IVA en un servicio médico exento?
Aplicar IVA a un servicio sanitario exento obliga a realizar un ingreso indebido a Hacienda. Deberás emitir una factura rectificativa para anular la original, devolver la cuota de IVA al paciente e informar de la corrección en tu liquidación trimestral (modelo 303).
¿Debo poner el diagnóstico del paciente en la factura?
No. Por exigencias del RGPD y de la Ley de Autonomía del Paciente, la factura nunca debe revelar datos que expongan la salud específica del paciente. Utiliza conceptos administrativos genéricos que justifiquen el servicio prestado.
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