Exenciones en la factura electrónica y Verifactu: quiénes están exentos y qué dice la ley
Las exenciones en la factura electrónica y Verifactu afectan principalmente a aquellas grandes empresas que ya tributan bajo el Suministro Inmediato de Información (SII), a los negocios sujetos a normativas forales específicas en el País Vasco y Navarra, y a determinadas operaciones con consumidores finales particulares. Comprender el marco normativo es fundamental para autónomos y pymes, ya que estar exento de IVA (como en sanidad o educación) no exime en ningún caso de la obligación de utilizar un software de facturación homologado que cumpla con los requisitos antifraude. En este artículo analizamos al detalle qué operaciones y perfiles quedan excluidos, cómo afecta el desarrollo reglamentario y qué obligaciones reales se exigen a partir de 2027.
En resumen
Las grandes empresas con una facturación superior a 6 millones de euros que ya utilizan el Suministro Inmediato de Información (SII) quedan excluidas de Verifactu.
El País Vasco cuenta con su propio sistema obligatorio, TicketBAI, gestionado por las Haciendas Forales de Araba, Bizkaia y Gipuzkoa.
Las operaciones B2C dirigidas a consumidores finales particulares mediante factura simplificada de menos de 400 euros mantienen un régimen flexible u opcional de factura electrónica en papel de forma transitoria.
Estar exento de IVA (por ejemplo, servicios sanitarios u educativos amparados en el artículo 20 de la LIVA) no exime de emitir facturas con los requisitos legales y el software homologado correspondiente.
Los regímenes especiales como los módulos, el recargo de equivalencia o el REAG cuentan con particularidades normativas específicas que regulan su obligación de emisión.
¿Quiénes están exentos de la obligación de usar Verifactu?
El Real Decreto 1007/2023, por el que se aprueba el reglamento que establece los requisitos de los sistemas informáticos de facturación, contempla una serie de exclusiones explícitas para evitar la duplicidad de obligaciones en sistemas de control fiscal ya existentes. La exclusión más destacada afecta a los grandes contribuyentes.
Según el artículo 2 del RD 1007/2023, quedan excluidos del sistema Verifactu:
Las empresas y entidades acogidas al Suministro Inmediato de Información (SII) a través de la Sede Electrónica de la Agencia Tributaria (AEAT), cuyo volumen de operaciones supere los 6.010.121,05 euros anuales.
Los contribuyentes inscritos en el REDEME (Registro de Devolución Mensual del IVA), debido a que ya soportan un control telemático superior con el envío de libros a través de los servicios web de la AEAT.
Los grupos de entidades que consolidan el IVA a efectos fiscales.
| Sujeto o Régimen Excluido | Motivo de la Exclusión / Marco Normativo |
| Grandes Empresas (SII) | Facturación superior a 6M€ con envío de XML en 4 días a la AEAT. |
| REDEME (Devolución Mensual) | Control telemático periódico superior e independiente del volumen. |
| País Vasco (TicketBAI) | Obligación foral propia en Araba, Bizkaia y Gipuzkoa con código QR específico. |
| Navarra | Normativa foral propia de control fiscal territorial adaptada. |
¿Cómo afectan las exenciones territoriales: País Vasco, Navarra y Canarias?
Las competencias fiscales propias de determinados territorios suponen adaptaciones y sistemas específicos que sustituyen o complementan el marco general estatal de Verifactu.
En el País Vasco, el sistema TicketBAI es de obligado cumplimiento en las tres diputaciones forales (Araba, Bizkaia y Gipuzkoa), exigiendo un software homologado dotado de un código QR específico y un fichero con huella cifrada para todas las entregas de bienes y prestaciones de servicios. Por su parte, la Comunidad Foral de Navarra cuenta con su propia normativa de control fiscal territorial adaptada.
En los archipiélagos y ciudades autónomas, nos encontramos con regímenes fiscales particulares que también inciden en la facturación:
Canarias: Aplicación del IGIC (Impuesto General Indirecto Canario) en sustitución del IVA, con adaptaciones específicas para el software homologado de la Agencia Tributaria Canaria. Las exportaciones peninsulares se consideran operaciones exentas de IGIC sujetas al marco general.
Ceuta y Melilla: Sujeción al IPSI (Impuesto sobre la Producción, los Servicios y la Importación), con controles territoriales específicos.
¿Qué ocurre con las operaciones B2C y los tickets de menor importe?
Las transacciones comerciales dirigidas a consumidores finales particulares (B2C) presentan importantes matices en cuanto a la obligatoriedad de la factura electrónica.
Las ventas al por menor en comercios, hostelería o servicios profesionales directos a personas físicas (como peluquerías o talleres) que emiten facturas simplificadas por un importe inferior a 400 euros disponen de un tratamiento flexible. La emisión de factura electrónica en estos supuestos suele ser opcional, permitiendo el uso de tiques en papel o soportes tradicionales de forma transitoria, siempre que el cliente consumidor no exija de manera expresa la emisión de una factura completa.
No obstante, la Ley Crea y Crece y el despliegue reglamentario establecen un escenario donde la digitalización se extiende progresivamente, aunque se contemplan periodos de adaptación para micropymes y autónomos de menor tamaño conforme se publiquen los desarrollos definitivos en el Boletín Oficial del Estado (BOE).
¿Las operaciones exentas de IVA (sanidad, educación) deben usar software homologado?
Uno de los errores más frecuentes entre los profesionales autónomos es asumir que, por realizar una actividad exenta de IVA según el artículo 20 de la Ley del IVA (LIVA), no existe obligación de emitir factura ni de utilizar un programa informático homologado. Esto es completamente falso.
Actividades como la sanidad, la odontología, la educación, la formación oficial, los seguros o determinadas operaciones financieras están exentas de repercutir IVA (aplicando un tipo del 0%), pero sí están obligadas a emitir la factura correspondiente (por ejemplo, con la clave de exención pertinente) y a utilizar un software de facturación adaptado a Verifactu.
Ejemplo práctico en sanidad: Una odontóloga autónoma que emite una factura de 80 euros por una consulta médica exenta debe registrarla con base imponible de 80 euros y cuota de IVA al 0% (artículo 20 LIVA), generando el correspondiente código QR y el encadenamiento de registros exigido por la Agencia Tributaria.
Ejemplo en educación: Una academia de formación que imparte un curso valorado en 1.200 euros exentos de IVA debe reportar la operación a través de su software homologado, reflejándola correctamente en los modelos tributarios trimestrales como el modelo 303.
Regímenes especiales: módulos, recargo de equivalencia y sector agrario
Los regímenes tributarios especiales cuentan con reglas particulares de facturación y exclusiones parciales en el ámbito de los sistemas de emisión electrónica:
Módulos (Estimación Objetiva): Los autónomos en estimación objetiva (en sectores como el comercio minorista o la hostelería) que emiten facturas simplificadas a consumidores finales no están obligados al uso estricto de software homologado B2C en formato electrónico complejo, pero sí deben cumplir con las exigencias si facturan a empresas (B2B).
Recargo de Equivalencia (REE): Los comerciantes minoristas sujetos a este régimen reciben de sus proveedores las facturas con el recargo correspondiente. Dado que no repercuten IVA en sus ventas a particulares mediante tique de papel, no emiten factura electrónica B2B en esas transacciones cotidianas, aunque sus relaciones comerciales entre empresas sí exigen el cumplimiento general.
Régimen Especial Agrario (REAG): La agricultura, ganadería y pesca que opera bajo el régimen especial de compensación cuenta con un sistema de facturación específico para cooperativas e industrias de transformación, sujeto a los desarrollos reglamentarios sectoriales.
¿Cómo te ayuda el programa de facturación electrónica de elEquipoIA con las operaciones exentas?
Nuestro programa de facturación electrónica de elEquipoIA está diseñado para simplificar la gestión contable y fiscal de tu negocio, adaptándose con precisión a cualquier tipo de operación, esté sujeta a IVA o amparada por una exención legal.
Cuando operas en sectores exentos como la sanidad, la educación o los servicios financieros, el programa permite configurar de forma nativa tipos impositivos al 0% con indicación expresa del artículo legal aplicable (como el artículo 20 de la LIVA), asegurando que la factura cumpla rigurosamente con los estándares técnicos exigidos por la Agencia Tributaria y los sistemas de control de emisión. Asimismo, la aplicación gestiona de forma automatizada las series diferenciadas para facturas simplificadas, completas y rectificativas, permitiendo un control estricto de los cobros, la tesorería y la generación de los ficheros y libros de registro necesarios para la asesoría fiscal sin fricciones ni errores manuales.
Preguntas frecuentes
¿Si soy autónomo y estoy en módulos debo usar factura electrónica?
Los autónomos en régimen de estimación objetiva (módulos) no están obligados a emitir factura electrónica frente a consumidores finales particulares en operaciones menores, pero sí deben utilizar un software homologado que cumpla con los requisitos normativos cuando emiten facturas a otras empresas o profesionales (B2B).
¿Una consulta médica exenta de IVA debe generar factura con Verifactu?
Sí. Estar exento de repercutir IVA por aplicación del artículo 20 de la LIVA no exime de la obligación de emitir la factura correspondiente ni de utilizar un sistema informático de facturación que garantice la inmutabilidad y trazabilidad de los registros ante la Agencia Tributaria.
¿Qué sucede si un cliente particular exige una factura completa?
Aunque una operación comercial esté dirigida a un consumidor final y enmarcada inicialmente en una factura simplificada, si el cliente exige una factura completa, el negocio está obligado a emitirla cumpliendo con todos los requisitos formales y electrónicos exigidos por la normativa vigente.
¿Las grandes empresas están exentas de todas las obligaciones de control?
No están exentas del control fiscal, sino del sistema específico Verifactu debido a que ya se encuentran adscritas de forma obligatoria al Suministro Inmediato de Información (SII), remitiendo sus registros de facturación telemáticamente a la Agencia Tributaria en plazos reducidos.
¿Cómo afecta la normativa de factura electrónica a las empresas de Canarias?
En Canarias se aplica el IGIC en lugar del IVA y existen normativas insulares específicas. El sistema de facturación electrónica y los programas homologados deben tener en cuenta estas adaptaciones territoriales particulares al generar los documentos fiscales.
¿Qué sanción conlleva utilizar un programa no homologado?
La utilización de sistemas informáticos de facturación que no cumplan con los requisitos legales de homologación, trazabilidad e integridad de los registros puede acarrear sanciones de hasta 50.000 euros por cada ejercicio fiscal afectado.
Normativa y fuentes
Real Decreto 1007/2023: Reglamento por el que se establecen los requisitos que deben adoptar los sistemas y programas informáticos de facturación. Puedes consultar el texto íntegro en el Boletín Oficial del Estado (BOE).
Ley 37/1992, del Impuesto sobre el Valor Añadido (LIVA): Artículo 20 relativo a las exenciones en operaciones interiores. Disponible en la Sede Electrónica de la Agencia Tributaria.
Ley 18/2022, de creación y crecimiento de empresas (Ley Crea y Crece): Regulación de la factura electrónica obligatoria entre empresarios y profesionales.
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